Mail.RuПочтаМой МирОдноклассникиИгрыЗнакомстваНовостиПоискВсе проекты
16 мая, источник: Чердак

Ваш сын, дядя Шарик

Журналисты NBC Chicago решили проверить честность компаний, предлагающих «генетическое тестирование на дому». Для этого они отправили на анализ образцы ДНК одного из журналистов, куда подмешали несколько проб ДНК лабрадора. А после поделились результатами: одна из компаний попалась на их удочку и напророчила собаке успехи в баскетболе, боксе и велогонках. Пока широкая общественность возмущается, мы рассказываем, что это за безобразие, куда они смотрят и за кого нас держат.

Источник: Чердак

Технологии ДНК-скрининга вышли из лабораторий и атакуют неподготовленного потребителя. То, что изначально было полезным аналитическим инструментом со множеством применений (от установления родства до подбора индивидуальных лекарств и профилактики возможных заболеваний), все чаще используется в околонаучных лотереях. Человек плюет в пробирку, опускает ее в черный ящик (почтовый), а через две недели достает из него письмо, где сообщается — в зависимости от специализации конторы, к которой он обратился — что у него нашелся троюродный дядя, вот-вот разовьется рак груди или обнаружены выдающиеся способности к вокалу.

Таким образом генетическое тестирование из инструмента медицинской диагностики превращается в развлечение, не сильно отличающееся от чтения гороскопа.

Отсюда и популярный сегодня термин — «развлекательная генетика».

Принципиальное отличие ДНК-тестов от других анализов состоит в том, что компания берет на себя не только получение результатов, но и их интерпретацию. И если, сдавая анализ крови, мы получаем на выходе ее состав в сравнении с нормальными показателями, то в случае генетического скрининга нередко все решения приняты за нас. Получается, что эффективность генетического тестирования, как и достоверность гороскопа, зависит от мастерства толкователя. С той лишь разницей, что в случае с ДНК есть шанс разобраться в процессе и оценить научную достоверность результатов.

Что мы ищем в ДНК?

Геном человека — это сотни миллионов пар нуклеотидов и тысячи генов. В этих информационных джунглях людей интересуют, как правило, только отдельные небольшие участки.

Мутации, вызывающие серьезные генетические заболевания, редко входят в популярные наборы для тестов. Такие исследования обычно назначает и контролирует врач-генетик, самолечение здесь ни к чему не приведет. К тому же, большинство этих заболеваний обнаруживается еще в детстве. Во взрослом возрасте имеет смысл проверять только поздно проявляющиеся болезни (как, например, хорею Гентингтона), если они уже встречались у родственников. Кроме того, бывает полезно пройти тестирование при планировании беременности, чтобы исключить риск выявления генетических заболеваний у ребенка. Но это, опять же, строго под контролем врача-генетика.

А вот что часто встречается в наборах для «домашних тестов» — это тест на предрасположенность к заболеваниям.

Здесь речь идет не о неизбежной болезни, а о риске ее развития. Выводы предполагается делать на основе последовательности нуклеотидов в определенных генах, или точечных мутациях. Например, в группе генов BRCA, поломки в которых часто встречаются при раке груди и яичника. Если этот ген изначально у человека отличается от своего хорошо работающего аналога, то и соответствующему белку будет проще сломаться с возрастом. Кроме рака, часто выходящие из строя белки известны для многих возрастных болезней, таких как сердечно-сосудистые или нейродегенеративные заболевания.

Но наиболее распространен сейчас поиск родственников и исторических корней. Возможно, потому что не влечет за собой никаких конкретных последствий, а значит, не накладывает серьезной ответственности на компанию-производителя (но это, стоит думать, уже очень скоро изменится, если вспомнить о том, как не так давно в руки правосудия таки попался серийный маньяк, которого вычислили через подобный сервис генетического поиска родственников). Поиск родственных связей основан на минимальных отличиях в последовательности ДНК — однонуклеотидных полиморфизмах (они же SNP, single nucleotide polymorphism). Эти отличия, как правило, не влияют на строение и работу соответствующего белка и потому не подвержены действию естественного отбора — белки все равно получаются одинаковыми. Их носители выживают с одинаковой вероятностью, а полиморфизмы свободно распространяются в популяции. Поэтому по набору SNP можно судить о родственных связях между людьми и приблизительно определить их происхождение (не путать с расой и национальностью).

Как мы ищем?

В лабораторной практике есть множество способов прочесть последовательность ДНК. Компаниям, производящим тесты, интересны самые дешевые. Не на всех сайтах указаны методы, которыми пользуется компания, но мы можем предположить, что большинство опирается на две технологии.

Первая — гибридизация. ДНК состоит из двух комплементарных цепей, которые слипаются друг с другом. Это происходит за счет взаимодействия нуклеотидов: напротив аденинового (А) должен оказаться тиминовый (Т), напротив гуанинового (Г) — цитозиновый (Ц), и никак иначе. Любые другие последовательности будут липнуть друг к другу хуже, образуя выпячивания и петли. Значит, можно взять последовательность, комплементарную той, которую мы ищем — с определенной мутацией или полиморфизмом. И проверить — прилипнет к ней ДНК клиента или нет. Если нет, то у клиента нет этого SNP или мутации. Если да, то образуется гибрид — ДНК клиента + наша тестовая ДНК. Гибридизацию удобно проводить на чипах — плашках, на которых закреплено одновременно несколько десятков или сотен тестовых ДНК. Мы берем ДНК клиента, режем на маленькие кусочки и наносим на чип. Где-то гибридизация происходит, где-то нет. Мы смываем все негибридизовавшиеся кусочки, а к остатку добавляем любой краситель, реагирующим на ДНК. И смотрим на то, что именно у нас там засветилось.

Источник: Чердак

Вторая — ПЦР, или полимеразная цепная реакция. Работает чуть сложнее. Сначала мы синтезируем праймеры — тестовые последовательности, комплементарные к нужному SNP. Потом мы разделяем ДНК клиента на две цепи (часто ее для этого достаточно просто нагреть). Праймеры прилипают к своим SNP, если они есть в ДНК клиента. Затем мы запускаем работу полимеразы — фермента, который копирует ДНК начиная с праймера и до конца гена. И повторяем цикл пару десятков раз. Если в ДНК есть SNP, комплементарные праймеру, то за несколько циклов в растворе накопится много копий соответствующего гена, и их можно детектировать (например, покрасив и измерив интенсивность окраски).

Источник: Чердак

Как делать выводы?

Очень осторожно, не предпринимая резких движений. В том, что касается родственников, анализ не выдает никаких однозначных ответов (в отличие от теста на отцовство или материнство). Ответ представляет собой цифры в процентах — столько-то от неандертальца, столько-то от африканцев, столько-то от жителей Восточной Европы. Результат может оказаться забавным, но редко — информативным, если только ваши ближайшие родственники не скрывали свое истинное происхождение. Зато некоторые сайты предложат вам зарегистрироваться и сделать ваши данные открытыми, чтобы собирать информацию по всему миру. Чем больше такой информации, тем выше точность последующих анализов.

С медицинскими тестами нужно быть еще аккуратнее. Результат генетического тестирования не является приговором и не заменяет консультацию врача. Это скорее подсказка, на какие аспекты здоровья стоит обратить больше внимания. Необязательно сразу отрезать грудь, подобно Анджелине Джоли, если только у вас нет серьезных показаний или семейного анамнеза. Не стоит расстраиваться, если у вас обнаружили ту или иную мутацию — ген может и не сломаться. Но не стоит и забрасывать свое здоровье, если мутации нет — наверняка есть еще какие-то гены, связь которых с заболеваниями до сих пор не обнаружена. Нужно помнить, что в большинстве случаев эти тесты основаны на статистике, которая меняется по мере распространения генетических скринингов.

Наконец, с особой критичностью стоит относиться к тестам на способности и склонности к разным видам деятельности. Во-первых, нужно здраво оценить адекватность таких предсказаний. Если речь идет о физиологических параметрах, например, склонности к ожирению или наращиванию мышечной массы, то можно предположить, как мог бы быть устроен маркерный ген. Но если вам «диагностировали» интровертность, стоит задуматься о научной обоснованности результата. Во-вторых, нужно понимать, что любые данные стоит трактовать аккуратно. Если кто-то исследовал ДНК 50 баскетболистов и нашел у 40 из них один и тот же вариант гена, это еще не значит, что этот ген делает человека баскетболистом.

Так как насчет собаки?

Предложение собаке заняться боксом выглядит действительно смешно, но кроме того, вызывает закономерный вопрос: неужели лабораторный стартап на самом деле не отличает человека от собаки? С другой стороны, а зачем подобным проектам это, собственно, нужно? Если бы это была исследовательская лаборатория, которой принесли неизвестный образец, то был бы смысл устанавливать видовую принадлежность. А коммерческая лаборатория, продающая своим клиентам (людям) услугу расшифровки генома и ее толкования, предполагает по умолчанию, что получает ДНК клиента (человека). С тем же успехом можно сдавать вместо своей мочи мочу собаки, шиншиллы, муравьеда или другого любимого питомца. Ни у кого не стоит задачи распознать подлог.

Тем не менее, большинство компаний все-таки отказались работать с подозрительным образцом ДНК. Но вовсе не потому, что они определили его собачье происхождение. Скорее всего, их тестовые ДНК просто «отказались» гибридизоваться с генетическим материалом лабрадора. Несмотря на то, что большинство генов у человека и собаки общие, SNP обычно не совпадают (мы помним, что они отличаются даже у разных популяций людей, что уж говорить о лабрадорах). А когда гибридизации не происходит, образец считается бракованным. При этом уточнением причин никто не занимается — может оказаться, что в пробирке было недостаточно ДНК или образец испортился при перевозке. В любом случае, анализ придется повторить.

Скажем честно: мы не знаем, что именно произошло в стенах лаборатории, предсказавшей лабрадору спортивные успехи.

Ошибка могла возникнуть на любом этапе процесса. Но это прокол данной конкретной компании, ставящий под сомнение аккуратность ее методов, а не фундаментальная проблема всей отрасли. Генетические тесты для человека заточены под ДНК человека. А если вам любопытно узнать что-то о ДНК своей собаки, обращайтесь в компанию генетического тестирования животных. Правда, про риск развития заболеваний у животных известно меньше, чем у людей, и медицинских тестов мало. Зато есть множество мест, где вы сможете проверить на чистоту происхождения любимую козу, свинью или форель.