Евгений Пономаренко родился в 1981 году в Уфе, окончил Уфимский государственный институт сервиса, Башкирскую академию госслужбы и управления (2017). До 2017 года работал в бизнесе, затем — топ-менеджером госкомпаний. С 2020 — в минпроме РБ, минпромторге РФ.
Его последнее место работы в Башкирии — руководитель Агентства по развитию территории Иглинского района.