Рафик Мухаметшин отмечен в числе других религиозных и общественных деятелей «за вклад в обеспечение деятельности Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации». Соответствующий указ главы государства размещен на портале официального опубликования правовых актов.
Этим же указом почетными грамотами Президента РФ награждены председатель Центрального духовного управления мусульман России, верховный муфтий Талгат хазрат Таджуддин, председатель Синодального отдела Московского патриархата по взаимоотношениям церкви с обществом и СМИ Владимир Легойда и ректор Санкт-Петербургского государственного университета Николай Кропачев.
