В 1961 году Юрий Малышев стал начальником цеха фенола и ацетона на Казанском заводе «Органического синтеза». В 1968 году занял должность главного инженера, а в 1982 году возглавил завод. На этом посту он проработал до 1986 года.
Был награжден орденом Ленина, медалью «Ветеран труда», орденами Октябрьской революции и «Знака почета». Также признан почетным химиком СССР.
Юрия Малышева похоронят на кладбище «Сухая река».
