Партизанское движение активно развивалось на оккупированных территориях СССР с первых дней войны. Уже на седьмой день войны — 29 июня 1941 г. — была издана секретная директива СНК СССР и ЦК ВКП (б), в которой указывалось: «В занятых врагом районах создавать партизанские отряды и диверсионные группы для борьбы с частями вражеской армии, для разжигания партизанской войны всюду и везде для взрыва мостов, дорог, порчи телефонной и телеграфной связи, поджога складов
Управление партизанскими отрядами долгое время оставалось децентрализованным. В связи с тем, что в аппарате ЦК ВКП (б) не было никакого отдела или сектора, который бы занимался организацией борьбы в тылу врага, вся основная работа по созданию партийного подполья и партизанских формирований должна была проводиться самими руководителями республиканских, областных и районных партийных организаций. Но уже в конце лета 1941 года первый секретарь ЦК КП (б) Белоруссии П. К. Пономаренко по своей инициативе разработал записку «К вопросу о постановке диверсионной работы в тылу врага». Среди предложенных мер в записке значились и «централизация руководства партизанским движением и диверсионной работой в тылу врага». Положения, высказанные в этом документе первым секретарем, сыграли большую роль и привлекли внимание к партизанскому движению высших партийных, государственных, военных и специальных инстанций. В последующих докладных записках им высказывались предложения создать Штаб руководства партизанскими отрядами и подпольными антифашистскими организациями в составе с отделами: связи, диверсионным, пропаганды и агитации и материально-техническим.
Первая попытка претворить предложения П. К. Пономаренко в жизнь относятся к январю 1942 года, но тогда от идеи создания центрального штаба отказались. Нарком внутренних дел Л. П. Берия посчитал, что руководство партизанами его ведомство может осуществлять без специального органа. Кроме того, Лаврентий Павлович также апеллировал к стихийности партизанского движения, изначально разрозненного и нуждающегося лишь в самой общей помощи и контроле. Поэтому вместо ЦШПД в структуре НКВД было учреждено 4-е управление под руководством П. А. Судоплатова. Сам Павел Анатольевич придавал данному органу «важную роль в инициировании и развертывании массового партизанского движения в тылах фашистской армии» и отмечал, что его аппарат имел ключевое значение «в организации конспиративного обеспечения массового партизанского движения в Белоруссии, Прибалтике, на Украине».
Как следствие, 24 мая 1942 г. заместитель наркома обороны генерал-полковник Н. Н. Воронов обратился к И. Сталину с предложением о создании единого центра по руководству партизанским движением. Уже через 6 дней, 30 мая 1942 г., постановлением ГКО № 1837 «в целях объединения руководства партизанским движением в тылу противника и для дальнейшего развития этого движения» при Ставке Верховного Главного Командования создавался Центральный штаб партизанского движения. Этим же решением при военных советах фронтов были образованы Украинский, Брянский, Западный, Калининский, Ленинградский и Карело-Финский штабы партизанского движения. В свою очередь фронтовые штабы формировали оперативные группы при военных советах армий, перечень которых устанавливал ЦШПД.
Известный диверсант времен Великой Отечественной войны И. Г. Старинов называл создание ЦШПД «событием чрезвычайной важности». Возглавивший штаб П. К. Пономаренко, в свою очередь, указывал, что структура органов ЦШПД «наилучшим образом способствовали мероприятиям партийных органов… При такой структуре между штабами и партизанскими отрядами не было никаких инстанций, вопросы партизан могли рассматриваться и разрешаться незамедлительно, а приказы и указания поступать без задержки».
С сентября 1942 г. также существовала должность Главнокомандующего партизанским движением, на которую был назначен Маршал Советского Союза К. Е. Ворошилов. Климент Ефремович организовал работу с партизанами таким образом, что они находились в тесном взаимодействии с командованием фронтов и регулярных войск. Благодаря этому удары сил сопротивления направлялись по наиболее уязвимым и важным местам оперативного тыла противника. Однако уже в ноябре того же года данный пост был упразднен, и этот шаг многие оценивали негативно. И. Г. Старинов писал по этому поводу: «Ликвидация поста Главнокомандующего партизанским движением привела к резкому уменьшению возможностей осуществления внезапных сокрушительных ударов по коммуникациям противника… После ликвидации поста Главнокомандующего партизанского движения начальник ЦШПД по сути остался только с партизанскими формированиями, руководимыми штабами партизанского движения».
Тем не менее деятельность ЦШПД способствовала резкому повышению эффективности действий партизанских отрядов на оккупированных территориях и их взаимодействия с регулярными частями РККА. Штаб во главе с П. К. Пономаренко обеспечивал снабжение партизан военными материалами, их подготовку, обобщал и распространял опыт партизанской борьбы. Была решена проблема обеспечения партизан радиостанциями, была развернута подготовка связистов. Свидетельством высокой эффективности партизанского движения стали такие крупные операции, как «Рельсовая война», «Концерт» и «Карпатский рейд» С. А. Ковпака.
ЦШПД действовал до января 1944 г. Расформирование ЦШПД обосновывалось тем, что большинство партизанских отрядов имели собственные республиканские штабы. Во многом же ликвидация данного органа была обусловлена тем, что к началу завершающего этапа войны взаимодействие партизан с регулярными войсками достигло настолько высокого уровня, что необходимость в специальной структуре при Ставке отпала. По мере продвижения РККА на запад партизанские отряды фактически превращались в линейные подразделения частей Красной армии, и эта успешная интеграция партизан в ряды красноармейцев являла собой еще одно доказательство высокоэффективной работы ЦШПД и его руководства.
