Кёнигсбергскую операцию можно по праву считать ключевой в более масштабной по своему охвату Восточно-Прусской операции — как в моральном, так и в стратегическом плане. Во время боев в Восточной Пруссии фюрер до последнего требовал от немецких солдат держаться любой ценой и бороться за каждую пядь немецкой земли. Когда же Кёнигсберг капитулировал, то Гитлер не смог примириться с потерей города, объявленного им «лучшей немецкой крепостью за всю историю Германии» и «абсолютно неприступным бастионом немецкого духа», и в бессильной ярости заочно приговорил коменданта крепости О. Ляша к смертной казни. По словам же самого коменданта, потеря Кёнигсберга стала «утратой крупнейшей крепости и немецкого оплота на Востоке».
В ходе Кёнигсбергской операции частям Красной Армии удалось сковать и ликвидировать в административном центре Восточной Пруссии значительные силы вермахта. В самом Кёнигсберге и его пригородах советскими войсками было захвачено около 92 тыс. пленных (в том числе 1800 офицеров и генералов), свыше 3,5 тыс. орудий и минометов, около 130 самолетов и 90 танков. Кроме того, как впоследствии писал маршал А. М. Василевский, данная операция «обогатила Красную Армию новым опытом борьбы с сильным врагом, опиравшимся на отлично подготовленную и глубоко развитую в инженерном и огневом отношении оборону в крайне выгодной для него местности». Полезным признавался и опыт, который извлекли наземные войска и Балтийский флот из совместных действий на протяжении всей операции.
Наконец, сковав значительные силы вермахта в Кёнигсберге, советские войска проложили себе путь на запад. О. Ляш впоследствии вспоминал, что «с оперативной точки зрения дальнейшая оборона Кёнигсберга… уже не имела значения для исхода войны, поскольку в начале апреля русские армии находились уже в Померании, Бранденбурге и Силезии, а английские и американские войска перешли Рейн и стояли у ворот Ганновера». Восточно-Померанская операция, проводившаяся параллельно с Восточно-Прусской, позволила отрезать Германию от Балтийского моря. Естественным развитием двух операций стала высадка советского десанта на островах Рюген и Борнхольм в мае 1945 г. с целью воспрепятствовать эвакуации немецких войск из восточной части Германии на запад и ликвидировать остатки военно-морских сил Третьего рейха в Балтийском регионе.
