Евгений Юрьевич Шестопалов окончил Владивостокский государственный медицинский университет по специальности «лечебное дело», является кандидатом медицинских наук.
Начинал карьеру во Владивостокской клинической больнице № 1. Трудился также в таких крупных и значимых профильных структурах края, как Территориальный центр медицины катастроф, Владивостокская клиническая больница № 4.
С 2017 года по октябрь текущего занимал должность главного врача Краевой клинической больницы № 1.
Женат, имеет двоих детей.