С апреля 2003 до июля 2005 г. Юрий Рожин руководил УФСБ Чеченской Республики. С июля 2005 до июня 2016 г. возглавлял управление ФСБ России по Самарской области. В 2017 г. генерал-лейтенант Рожин был назначен на пост врио вице-губернатора — руководителя регионального департамента по вопросам правопорядка и противодействия коррупции правительства. С конца 2018 г. Рожин также исполнял обязанности руководителя аппарата губернатора Самарской области.
Главным федеральным инспектором Самарской области Юрий Рожин был назначен в марте 2020 года.