По версии следствия, обвиняемый, чтобы похитить более 119 млн руб., выделенных из федерального бюджета АНО «Управляющая компания научно-образовательного центра Республики Башкортостан», с сентября по декабрь 2022 года заключил два контракта с «УК НОЦ», в котором был ответственным секретарем наблюдательного совета. В рамках договоров общей стоимостью 18,3 млн руб. возглавляемая им организация должна была разработать концепцию изменений в образовательном ландшафте Башкирии, а также реализовать мероприятия Евразийского научного-образовательного центра мирового уровня. Фактически контракты не были исполнены, но в декабре 2022 года Руслан Казыханов составил подложные акты сдачи-приемки работ.
На имущество и деньги обвиняемого общей стоимостью более 13 млн руб. был наложен арест.