Рахимов скончался 11 января в возрасте 88 лет после продолжительной болезни.
Прощание с Рахимовым прошло в Государственном концертном зале «Башкортостан». Прошел траурный митинг. Проститься с первым президентом республики пришли тысячи человек. Коллеги, друзья, близкие, горожане и гости из других регионов страны. На траурном митинге выступили полпред ПФО Игорь Комаров, глава Башкирии Радий Хабиров, президент Татарстана Рустам Минниханов, первый президент Татарстана Минтимер Шаймиев.
«Мы работали с Рахимовым параллельно, соревнуясь, ревнуя. Это была очень плодотворная работа. Наши республики организовались в одно время, и трудности, и радости наши были похожи. Сейчас главы наших республик достойно продолжают наш путь. Я благодарен Муртазе Губайдулловичу за совместную работу, умение слышать, слушать. Соболезную близким», — сказал Шаймиев.
Полномочный представитель президента РФ в ПФО Игорь Комаров сказал на церемонии прощания, что Рахимов всю свою жизнь работал для интересов народа Башкирии. «В очень непростые времена для страны он сыграл очень важную роль. Когда приезжаешь в Башкортостан, видишь и чувствуешь его наследие и влияние на все события, которые здесь происходят, на судьбы людей», — сказал Комаров.
В конце церемонии муфтий России Талгат Таджуддин прочитал молитву. Митинг завершился минутой молчания.