С 1992 года Игорь Карнацевич работал профессором кафедры гидрогеологии, гидравлики и инженерной гидрологии Омского государственного аграрного университета. Читал в Сибирской автодорожной академии курсы «Геоинформационные системы» и «Инженерная гидрология». Руководил кружками учащихся при городском эколого-биологическом центре и городском дворце творчества.
Более 25 лет Игорь Владиславович проработал на кафедре географии Омского государственного педагогического университета.
Игорь Карнацевич также является автором более 100 научных работ, в том числе фундаментальных монографий и научных статей по гидрологии, климатологии и геоэкологии. С 1984 года был членом Омского отделения Русского географического общества, лауреатом премии им. Певцова.