Миссия была основана в 2005 году для обеспечения безопасности и мониторинга молдавско-украинской границы, особенно ее приднестровского участка. Это консультативная техническая миссия со штаб-квартирой в Одессе, двумя представительствами в обеих странах и шестью полевыми офисами в зоне ее ответственности.
«Предлагается продлить работу миссии EUBAM еще на два года начиная с декабря. Работа миссии помогала и будет помогать Молдавии в обеспечении безопасности нашей границы, определении возможных решений по урегулированию приднестровского конфликта, борьбе с коррупцией и ее предотвращении, а также в продолжении гармонизации национального законодательства с нормами ЕС. Соглашение будет заключено путем обмена нотами, выражая тем самым одобрение этого решения. В связи с продлением мандата я прошу коллег поддержать этот проект», — сказал глава МИД Молдавии Нику Попеску на заседании правительства, которое транслировалось в режиме онлайн.
Мандат миссии продлевался в 2007—2020 годах.
Миссия EUBAM начала работу в Молдавии в ноябре 2005 года после совместного обращения к Европейской комиссии властей республики и Украины. Работа миссии полностью финансируется Евросоюзом.