Каннабих умерла в своем доме в подмосковной Истре.
Мария Каннабих была членом Московского городского общественного консультативного совета, в разные годы входила в состав Общественного совета при Минюсте РФ, Совета по правам человека (СПЧ) при президенте РФ и «Совета общественных наблюдательных комиссий».
Правозащитница отмечена благодарностью президента России, медалью «В память 850-летия Москвы», наградами ФСИН.