Первая реорганизация началась за год до рейда ФСБ — в 2002 году. Реформа затронула непрофильные для «Новосибирскэнерго» бизнесы. Они стали самостоятельными, хоть и «дочерними» компаниями. В частности, отделились ремонтные ЗАО «ПРП» и «Энергоспецмонтаж», ЗАО «НЭСКО», которое занималось материально-техническим снабжением, диагностическое предприятие ЗАО «Инженерный центр» и ЗАО «Региональные электрические сети» (РЭС), которому было передано электросетевое имущество «Новосибирскэнерго».
Однако самостоятельными компании пробыли недолго. Уже в начале 2010-х годах ПРП, НЭСКО, «Инженерный центр» и «Энергоспецмонтаж» были присоединены к фигурирующим в деле Абызова ПРиС, АСС, ПЭСК и РЭМиС, следует из данных СПАРК. В конце 2013 года владелец последних четырех структур — кипрский офшор «Блэксирис» — продал их компаниям «Сибэко» и РЭС, на которые распался «Новосибирскэнерго» после второй реорганизации в 2011 году. «Сибэко» купила ПРиС, АСС и ПЭСК, а РЭС — РЭМиС. В результате этих сделок прежние «дочки» «Новосибирскэнерго», по сути, вернулись обратно.